На месте современного Шишкино в 1627 году находились две деревни Домодедовской волости, разделённые Вяльцевским овражком. К западу от овражка располагалась д. Шишкино, а восточнее д. Луканово. Через двадцать лет в первой числилось 4 двора с 7-ю мужскими душами, а во второй 10 дворов с 24-мя. Мало-помалу обе деревни развивались за счёт естественного прироста населения. К середине XVIII века число дворов в Шишкино выросло до 6-ти, а в Луканово до 14-ти, а ревизских душ соответственно до 32 и 57.
Крестьяне деревень, как и других дворцовых селений, пахали государеву пашню, готовили сено и дрова для дворцовых нужд, несли другие казённые повинности. Временами эти работы становились настолько обременительны, что крестьяне вынуждены были протестовать против произвола властей. С началом строительства в Пахрино каменной конюшни весной 1754 года, когда крестьян всей волости обязали готовить для новостройки белый камень, известь и кирпич, их положение ещё более осложнилось. В знак протеста они отказались поставлять белый камень и строительные материалы к строению конюшен, выплачивать недоимки, избрали трёх челобитчиков, наказав им просить «где следует» об облегчении их положения. Среди избранных был и крестьянин д. Луканово Алексей Афанасьев. Дворцовая конюшенная канцелярия нашла прошение крестьян «неправым» и приказала «учинить челобитчикам публичное наказание: бить плетьми», но наказали только одного, т.к. остальные, в т.ч. и Алексей Афанасьев, пустились в бега.
Весной 1762 года эти же челобитчики «за свой кошт» отправились в Санкт-Петербург, где подали прошение шталмейстеру генерал-поручику Л.А. Нарышкину, но «токма никакого себе удовольства не получили». Тогда они отправили прошение самой императрице, которое рассматривалось
в феврале 1763 года на заседании правительствующего Сената. Но и на этот раз крестьяне своего не добились. По Указу конюшенной канцелярии челобитчиков приказано бить плетьми, а затем выслать из волости под караулом в Богородицкую дворцовую же волость на поселение. Когда в Луканово прибыли конюхи Пахринской конюшни, чтоб отправить Афанасьева со всем семейством на поселение и заковали его в кандалы, ко двору арестованного явились более 200 крестьян из соседних селений с дубинками, отбили Алексея у конюхов, сняв с него «железы», а конюхов»едва не убили до смерти», посадив их под караул, а отпуская их в Пахрино, заявили: мы Афанасьева никому не отдадим и волостного правления не слушаемся, а вы поезжайте-ка отсюда пока живы».
Когда об этом чрезвычайном происшествии доложили Екатерине II, то она повелела: «челобитчиков по случаю святой Пасхи в Богородск не посылать, оставить их при домах своих», а крестьян, оказавших сопротивление властям, в т.ч. Ивана Алексеева и Терентия Афанасьева из д. Лука-ново «за дерзостные поступки, дабы впредь от таких поступков остерегались публично бить батожьём».
С начала XIX века происходит объединение деревень в одну под названием Шишкино, Луканово тож, а затем просто Шишкино.
По данным за 1848 год о ней писалось так: «Деревня Шишкино на правом берегу речки, на скатистом месте. Основное занятие крестьян хлебопашество, некоторые по большим дорогам занимаются извозом, другие нанимаются в Москве на текстильные фабрики, земельных угодий 381 десятина, ревизских душ 125». В годы крестьянской реформы в надел на каждую из 140 душ выделено по 3 ‘А десятины. Из Домодедовской волости деревня переведена во вновь образованную Шебанцевскую волость. Осенью 1870 года деревню постигло несчастье: от какой-то болезни пали 60 голов крупного скота.
Староста деревни Алексей Андреевич Лопухов, заполняя в 1883 году специальную анкету, записал: в деревне с наделом 40 домохозяев в 59 избах, 117 мужчин и 144 женщины. Дворов, выкупивших надел, нет, четверо проживают в Москве и Старой Руссе. Остальные имеют 44 лошади и 47 коров. Из 10 безземельных домохозяев изба в деревне только у одного, а скота у них нет, все они проживают в Москве.
К началу XX века отсутствовали уже 22 семьи с 83 человеками. Наличных в деревне оставалось 38 домохозяев и 260 жителей, которые распахивали 210 десятин из 460. К 1914 году число дворов в деревне увеличилось до 45, а жителей до 338. Недалеко от деревни работал кирпичный завод, принадлежавший церкви с. Юсупово.
После Октябрьской революции в деревне избран Шишкинский сельский совет, возглавлял который продолжительное время Николай Дмитриевич Лаврентьев. В 1929 году 11 домохозяев деревни образовали машинное товарищество.
В начале ноября 1941 года здесь размещался пятый полк девятой дивизии второго кавалерийского корпуса генерала П.А. Белова.
Текст: © Г. Ф. Гарин «К истории Домодедовских поселений», 2009 г.